Imunitní systém je složen z lymfatických orgánů a leukocytů. Lymfatické orgány představují vysoce specializované tkáně s velkým množstvím lymfocytů, a jsou rozděleny na primární a sekundární. Vedle sekundárních orgánů (slezina, mandle) hrají velmi důležitou roli primární lymfatické orgány, jimiž jsou brzlík a kostní dřeň. Brzlík, latinsky nazýván thymus, má hlavní funkci v dětství, s vyšším věkem je pak nahrazován tukem. Kostní dřeň, lidově nazývána morek, tvoří měkkou tkáň, která vyplňuje dutinu kostí, a je místem pro tvorbu nových krvinek a krevních destiček. Krvetvorba probíhá ve všech kostech mezi 4 až 5 lety věku. Pokud dojde k poruše funkce kostní dřeně a krve, bývá diagnostikována rakovina krve (leukémie). Vzájemná souhra lymfatických orgánů a leukocytů tvoří obranu organismu.
Leukocyty neboli bílé krvinky jsou základy pro specifickou imunitní odpověď a podílejí se na správné činnosti imunitního systému. Leukocyty se dělí na mnoho druhů (makrofágy, B-lymfocyty, T-lymfocyty, monocyty, granulocyty,…), z nichž každý druh má svou specifickou funkci a společnou souhrou zajišťují komplexní imunitní obranu. Většina bílých krvinek se volně pohybuje v krevním oběhu a vykonává imunitní reakci, buď schopností fagocytózy (pohlcování částic, nejčastěji skupina leukocytů označených jako granulocyty, monocyty a makrofágy), cytotoxickou činností (zabíjením buněk, tzv. buněčná imunita zajišťovaná nejčastěji skupinou T-lymfocytů) nebo tvorbou protilátek (tzv. látková imunita, nejčastěji zajišťovaná B-lymfocyty). Leukocyty bojují proti nádorovým buňkám, virům či bakteriím, a chrání tím tělo před onemocněním. Pokud leukocyty nefungují či ztratí svoji schopnost imunity, může dojít k vážnější nemoci zvané autoimunita či imunitní nedostatečnost. Přítomnost leukocytů v moči je příznakem možného onemocnění, například zánětlivého poškození ledvin nebo močových cest. Výskyt bílých krvinek v moči tedy značí patologický jev, který je příznakem oslabeného imunitního systému. Při zvýšeném počtu leukocytů v moči lékaři běžně předepisují antibiotika, která však lidský organismus oslabují.
Primární lymfatické orgány jsou místem pro vznik a dozrávání B a T-lymfocytů. B lymfocyty neboli B buňky jsou odpovědné především za tvorbu protilátek.
T-lymfocyty neboli T buňky představují druh bílých krvinek, které v době růstu okupují kostní dřeň, a poté dozrávají v brzlíku. T-lymfocyty velmi schopně regulují imunitní systém tím, že do krve vylučují tzv. cytokiny.
Specifická imunita vzniká v průběhu života při setkání s cizí látkou, proti které musí imunitní systém bojovat. Při setkání s touto cizí látkou (antigenem) si imunitní systém vytvoří paměťovou stopu, která při opakovaném setkání s tímto antigenem umožní rychlejší obrannou reakci. Specifická imunita zahrnuje jak složku buněčnou (buňky zajišťující obranu), tak složku látkovou – humorální (buňky tvořící protilátky). Tyto buňky úzce spolupracují i s buňkami tzv. nespecifické imunity, která je vrozená. Buňky nespecifické imunity jsou stále přítomny v krvi, proto jsou schopny zasáhnout velmi rychle proti všem cizím částicím. Zasahují vždy stejnou silou, nevytváří si paměť. Stejně jako specifická imunita zahrnují obě složky obrany – buněčnou i humorální. Do nespecifické imunity (do buněčné složky) spadají i tzv. NK buňky (Natural Killers = přirození zabijáci), které bojují proti virům a nádorovým buňkám.
Chorobný stav imunitního systému, který reaguje proti vlastním buňkám, se nazývá autoimunita. Laicky řečeno autoimunita ničí buňky nejen špatné, ale i ty dobré. Autoimunita tedy způsobuje poškození vlastního organismu, což může vyústit v řadu autoimunitních onemocnění, jako jsou celiakie (alergie na lepek), roztroušená skleróza, lupénka, Crohnova choroba, revmatoidní artritida a mnoho dalších. V těchto případech napadá imunitní systém buňky vlastního těla a tato sebedestrukce vyvolává široké spektrum potíží.
Oslabený imunitní systém, který vede k častější nemocnosti a delšímu uzdravování, rovněž zvyšuje riziko vzniku nádorových onemocnění. Imunodeficit může být ve vzácných případech vrozený, častěji je ale získaný následkem nemoci či nezdravého životního stylu.
Kromě zvýšené náchylnosti k virovým nemocem souvisí porucha imunitního systému s řadou dalších chorob.
Porucha imunity vzniká při různých alergických reakcích/alergiích, které mohou vyvolat tzv. alergeny. Přecitlivělost na neškodné látky se projevuje typickými příznaky v podobě zarudnutí, otoků, kýchání, zvracení, průjmu či kopřivky. V extrémním případě může alergická reakce vyvolat anafylaktický šok (celkový kolaps) nebo dušení na základě otoku průdušek (bronchoskopie). Jakékoli alergické příznaky by měly být důvodem k posílení imunitního systému.
AIDS je onemocnění virem HIV, který zapříčiňuje poškození imunitního systému. Z anglické zkratky je tato smrtelná nemoc přeložena jako syndrom získaného selhání imunity. Ačkoli je AIDS nevyléčitelná nemoc, infikovaní virem HIV jsou odkázáni na celoživotní braní léků.
Jednou z hlavních činností imunitního systému je hubení škodlivých buněk, které mohou vyvolat nádorové onemocnění. Pokud imunitní systém nesplní obrannou funkci, nádorové buňky se rozmnoží, a vzniká rakovina v závislosti na buněčném typu. Jestliže není zastaveno další množení škodlivých buněk, dojde k metastázi, kdy buňky napadnou další části těla. Zastavení šíření škodlivých buněk lze vyvolat posílením imunitního systému.